iPhoneで動画をカメラを縦に構えて撮影するとMediaPlayer等では横向きに再生されます。
その状態で見ると非常に見辛いです。
QuickTimeだと問題なく縦で再生されるんですが、オイラとしてはMediaPlayerで見たいのでエンコードしてみる事にしましたヾ(゚∀゚)ノ
※QuickTimeProを購入している事が条件です
最初にQuickTimeProを購入して頂いて登録します。
その後、動画をQuickTimeで開き、「メニュー」→「エクスポート」を選択します。
縦動画出力1

選択したら動画のエクスポートの設定を行います。
縦動画出力2
今回はMP4に変換します。
■エクスポート→「ムービーからMPEG-4」
■出力→「LAN/イントラネット」
をそれぞれ選択し横にある「オプション」を選択して詳細設定を行います。

縦動画出力3
上の説明通りに設定していればH.264での出力設定になっているハズです。
■データレート→「2000kb/s」
■最適化→「CD/DVD-ROM」
■イメージサイズ→「カスタム」

変更するのはここらへんで、イメージサイズを「カスタム」に変更後解像度がちゃんと縦方向になっているか確認して下さい。

これで出力をすれば、ちゃんと縦画面になっているMP4が完成しますヾ(゚∀゚)ノ
また、データレートに関しては3GSを元に設定しているのでiPhone4の場合はもっと上げた方がいいかもしれません。
これに関しては満足いく画質まで何度も動画エンコードして下さい。